據試驗一般條件下，秸稈還田后進行連作，病蟲害有加重發生的趨勢。如在北方，麥秸還田后春小麥根腐病加重，在南方則小麥全蝕病加重；大豆秸稈還田后大豆根腐病和蟲害率提高。因此，秸稈還田更適合建立在輪作的基礎上，這樣秸稈還田的效果才能充分發揮。在輪作的基礎上進行秸稈還田，是不會造成病蟲害大發生的。如果在連作情況下還田秸稈，可考慮采用秸稈翻耕還田的方法，而不能采用秸稈耙耕淺層還田的方法。同時，必須要加強病蟲害防治，以確保農作物優質高產。
另外(wai)，由于秸稈(gan)還(huan)田增強了土(tu)壤(rang)微生物活性，加快了除(chu)草(cao)劑(ji)(ji)等在土(tu)壤(rang)中(zhong)的(de)(de)降解速度，縮短了藥(yao)劑(ji)(ji)的(de)(de)殘效期。因此，在秸稈(gan)還(huan)田的(de)(de)土(tu)壤(rang)中(zhong)施(shi)用化學除(chu)草(cao)劑(ji)(ji)等，特別(bie)是播(bo)前施(shi)用的(de)(de)，其(qi)有效施(shi)用劑(ji)(ji)量(liang)應(ying)適當(dang)提高。
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